こんにちは。Kousukeさん。
ちょっと、症例がよくわかりませんが、
まずは、次の事項を確認してみてください。
1)プロアクティブ・ディフェンス関係で以下の事項を確認してください。(デフォルトではオフになっています。)
(a) アプリケーション・インテグリティ・コントローラをオフにする。
( b ) アプリケーションのアクティビティ・アナライザでWindowsのタスク・マネージャー保護をオフにする。
2) メイン画面でプロアクティブ・ディフェンスの「統計」を見てください。
起動時に「ブロック数」が「0」であることを確認してください。
「0」でない場合は、Windows起動時に、KISが何かをブロックしている可能性があります。
正規のプログラムでも、インベーダー(invader)などを許可する必要がありますので、確認してください。
3)Windows起動時に立ち上がるプログラム、特にセキュリティ・ソフト関係のソフトをほかにインストールしている場合は、
そのソフトが正当なものならば、信頼済みアプリケーションに登録してみてください。
>プロアクティブディフェンスをデフォルトオンで起動する必要はあるんでしょうか?
難しい質問ですが、個人的には必要はないかと思います。。
ただ、ごくまれに、Windows起動時に、プロアクティブ・ディフェンスが感知する可能性はあります。
あくまで、付加的な機能なので、それほどまでに神経質になる必要はないと思いますが。・・・。
もし、気になるようでしたら、カスタマーセンターに相談されることをおすすめします。

あまり役に立たない回答ですみません。
それでは。